Berke'nin yeğeni olan komutanlardan Emir Nogay'ın nüfuzu çok artmış, devleti o yönetmeye başlamıştı. Emir Nogay bu nüfuzunu tam kırk yıl korudu ve bu süre içinde Altın Ordu hakanlarını tahta çıkaran ve onları kendi otoritesi altında tutan bir kumandan olarak kaldı. Tokta Han ise Emir Nogay'ın baskısından kurtulmak için fırsat kolladı ve nihayet 1300 yılında onunla savaştı ve galip gelerek öldürttü. Böylece devletin tek hakimi oldu. O tarihten sonra Aşağı İdil, Yayık ve Embe ırmakları boylarında yaşayan ve Emir Nogay'a bağlı kalmış olan boylara ve kavimlere "Nogaylar" denildi.

Nogay Ordası: Altın-Orda yıkıldıktan sonra Kafkasya ve Deşt-i Kıpçak bölgesinde Cengiz Han'ın sülalesinden olmayan Moğol Mangıt boyunun önderi Edige tarafından kurulmuş bir Türk devleti. Hanlığa adını veren Nogay, Altın-Orda Devleti'nin önemli komutanlarından biridir. 1259-1299 yılları arasında, devlet üzerinde söz sahibi olmuş olan Nogay, Altın-Orda Hani Tokta ile anlaşmazlığa düşmesi sebebiyle giriştiği mücadelede yenilerek öldürülmüştür. Fakat emrinde bulunan ve onun adıyla anılan boylar, Altın-Orda'nın zayıflaması üzerine Nogay Hanlığını kurmuşlardır. Hanlığın başkenti, Yayık ırmağı deltasındaki Saraycık şehri idi. Ahalisi içerisinde, çoğunluğu oluşturan Kırgız, Kıpçak Türkleri yanında Türkleşmiş Moğol kabilesi Mangıtlar da bulunuyordu. Rusların Kazan Hanlığını ele geçirmesiyle Nogaylar, bir kaç kısma ayrılmışlardır. Bunlardan bir kısmı Büyük Nogay Ordası adi altında Rus hâkimiyetini tanımışlardır ??? (1557). Dağınık olarak yasayan diğer Nogayların önemli bir kısmı daha sonra Anadolu'ya göç ederek burada yerleştirilmişlerdir.

Rusya'nın Nogay Hanlığı'nı ilhakı

1551'de Kırım Hanı olan I. Devlet Giray, 1571'de başarılı bir seferle Moskova'yı kuşattı. Çerkesler, Nogaylar ve Kıpçaklar gibi halklardan oluşan büyük ordusuyla Rusları yendi ve Moskova'yı yaktı (Moskova Yangını). Bu seferden sonra Devlet Giray, ertesi yıl için tüm Rusya'yı içine alan büyük çaplı bir fetih planı hazırladı, ama 1572'de Moskova'nın 60 km güneyinde, Molodi'de aldığı mağlubiyet üzerine plan iptal oldu (Molodi Savaşı).

1598'de Obi Nehri muharebesi'nde yenilen Küçüm Han'ın Nogay Orda'ya sığınmasıyla Sibir Hanlığı yıkıldı. Bu son güçlü direncin kalkmasından sonra Rusya'nın önünde Büyük Okyanus'a kadar mukavemet gösterecek hiçbir kuvvet kalmamış oldu. Rus orduları çok kısa sürede tüm Sibirya'yı ele geçirdi.